Nhìn chung, nguồn gốc của tín ngưỡng thờ mẫu ở Việt Nam vốn có xuất phát điểm bởi niềm tin và sự kính trọng của con dân đối với tính nữ, với khả năng sản sinh, nuôi nấng và sáng tạo. Quan hệ và sức ảnh hưởng của mẫu hệ và nữ quyền vẫn phủ lên tư tưởng của người nông dân mặc cho chế độ phụ hệ trong nhà nước phong kiến, vốn trọng nam khinh nữ vẫn đang hiện hành.

Dưới sự ảnh hưởng sâu sắc của Nho Giáo, công lao của người phụ nữ có thể bị xem nhẹ, gọi là nam tôn nữ ti, trọng nam khinh nữ. Vì vậy, người phụ nữ mặc dù không có tiếng nói khi ra trận mạc, và thường bị dính với trách nhiệm làm mẹ, làm vợ, làm bếp… Nhưng “phép vua thua lệ làng”, tư tưởng mẫu hệ vẫn rất sâu sắc trong tâm thức của người Việt, phụ nữ là những người chèo chống, trụ cột trong gia đình, quản lý chuyện tiền bạc, tay hòm chìa khóa. Chính vì lý do này, tín ngưỡng thờ Mẫu ở Việt Nam thực chất là tôn sùng sự chống đỡ, sức mạnh bảo vệ của người phụ nữ trong gia đình. Họ chịu trách nhiệm nuôi nấng, giáo dục con cái, quán xuyến các công việc nhà cửa. Có thể nói, hầu hết các công việc trong gia đình đều do một tay người phụ nữ làm nên.

Tục thờ Mẫu Tam Phủ, Tứ Phủ trong tín ngưỡng thờ mẫu thực chất có mối liên hệ trực tiếp với tục thờ mẫu thần, nữ thần nhỏ lẻ. Các Mẫu thì có thể là nữ thần, nhưng không phải nữ thần nào cũng được tôn lên làm Mẫu, hoặc thuộc vào hệ thống tín ngưỡng thờ mẫu. Vì vậy, Mẫu Tam Tứ Phủ hay còn gọi là tam tòa thánh mẫu thực chất là một bước tiến trong tín ngưỡng dân gian, từ những hoạt động thờ cúng nhỏ lẻ thuộc về tín ngưỡng, thành một hệ thống tôn giáo có trật tự, quy tắc và thống nhất hơn.

Để nữ thần biến thành Mẫu Thần trong hệ thống tín ngưỡng thờ mẫu, họ phải gắn với các hiện tượng tự nhiên, được người đời gắn cho chức năng sáng tạo, bảo trợ và che chở cho con người (tính Âm). Từ đây, ta có Mẫu Thượng Thiên (Trời), mẫu Địa (Đất), mẫu Thoải (sông nước), mẫu Thượng Ngàn (rừng núi). Đây cũng là bốn vị thánh mẫu quan trọng nhất trong hệ thống tín ngưỡng thờ mẫu. Tiếp theo đó là các vương nữ, như hoàng hậu, mẹ vua, hay công chúa có đức có tài, làm được chuyện lớn cho đất nước, như Tây Thiên Quốc Mẫu, vốn là vợ vua Hùng, có đền thờ tại Tây Thiên tỉnh Vĩnh Phúc.

Trong cuốn sách đạo Mẫu Việt Nam, giáo sư Ngô Đức Thịnh cũng có cái nhìn rất đặc biệt về sự hòa trộn giữa tín ngưỡng thờ Mẫu của Việt Nam với các tôn giáo ngoại lai bên ngoài. Rất nhiều tôn giáo du nhập vào Việt Nam, như Thiên Chúa Giáo, Đạo Giáo, Ấn Độ Giáo hay nổi bật nhất là Phật Giáo, tuy thế các tôn giáo này lại tồn tại thuận hòa, miễn là phù hợp với đạo đức Nhân Lễ Nghĩa Trí Tín của con người Việt. Một sự tích thể hiện rõ sự giao thoa giữa Tín ngưỡng thờ mẫu và Phật Giáo chính là Phật Mẫu Man Nương, nói về 4 Bà Mây, Mưa, Sấm, Chớp trong văn hóa Việt Nam.

Tuy thế, mối quan hệ giữa tín ngưỡng thờ Mẫu với Phật Giáo lại sâu sắc hơn cả, bởi đó là sự tác động qua lại giữa 2 tôn giáo này. Các ngôi chùa ở Bắc Bộ và Bắc Trung Bộ đều có điện thờ Mẫu, người theo đạo Phật cũng có thể thờ cúng tổ tiên, và ngược lại, trong các điện thờ Mẫu, tọa ở vị trí cao nhất chính là Phật Bà Quan Âm cứu khổ cứu nạn, vốn là một vị nam thần trong Phật Giáo Ấn Độ nhưng đã được nữ tính hóa khi sang Trung Hoa và Việt Nam, để trở thành Quan Âm Thánh Mẫu, chiếm một vị trí quan trọng trong hệ thống tín ngưỡng thờ Mẫu.